ولدت فكرة استضافة متحف للآثار داخل مجمع مكتبة الإسكندرية الثقافي حين تم اكتشاف عدد من القطع الأثرية الرائعة التي تعود للعصر الهيلينستي والروماني والبيزنطي، وذلك اثناء أعمال الحفر التي تمت في موقع المكتبة الحالي.
ومتحف الآثار هو أحد المتاحف القليلة في العالم التي تعرض قطعًا فنية تم اكتشافها في نفس مكان عرضها.
وقد تم افتتاح المتحف رسميًّا في ١٦ أكتوبر ٢٠٠٢ وقد اختيرت مقتنياته بعناية لتعكس تاريخ مصر الثري والمتعدد الثقافات والممتد عبر الثقافات الفرعونية واليونانية والرومانية، والقبطية والإسلامية، مع التركيز على الإسكندرية والمرحلة الهيلينستية.
ويحتوي المتحف على ١١٣٣ قطعة معروضة أبرزها المجموعتان التاليتان:
• قطع فنية اكتشفت أثناء أعمال الحفر في موقع المكتبة (١٩٩٣-١٩٩٥).
• آثار رُفعت من قاع البحر المتوسط بالقرب من الميناء الشرقي وفي منطقة خليج أبي قير.
